”那些人听说后更加恨他了，根据年限规定把邦华调出，让他去做山东参议。他的父亲廷谏当时任南京刑部郎中，也被罢官回家了，邦华于是就推辞生病，没有去赴任。
邦华起复原任，前往整顿易州兵备。第二年，他升为光禄少卿后，回家看望父亲去了。四月，朝廷提升他为右佥都御史，让他去接替毕自严巡抚天津。当时天津的军府刚刚开设，各项事务都是草草上马，邦华到任后极力加以整顿，使津门军成了各镇的表率。邦华升任兵部右侍郎后，又返回家乡探望父亲。抵达京师，阉党大吵大闹，说枢辅孙承宗在万寿节来朝见皇上时将要“清除皇上身边的坏人”，事实上是邦华引他来的，熹宗皇帝立刻勒令承宗返回驻地，邦华自己请病假回去了，阉党弹劾并削除了邦华的官籍。
邦华起任为工部右侍郎，总督河道。不久，改任兵部右侍郎，协理军政，邦华回到朝廷，受到崇祯帝召见，过后主持了武会试，事后进到军营中。按照惯例，皇上冬至祭天，部队列队护驾，用兵八万五千人，当时增加到了十多万人。当时，崇祯帝正要祭天，总督随行部队的勋臣缺乏人选，就让邦华兼管这件事，邦华所布置的云辇、龙旌、宝纛、金鼓、旗帜、甲胄、剑戟都焕然一新，崇祯帝很高兴。崇祯帝视学，邦华又布置得很好，崇祯帝命令给他加官为兵部尚书。当时，兵政十分乱，邦华首先提出要改变操练方法、慎重选择将吏、改造战车、精制火药、集中武器、责成防官、节约金钱、酌情兑马、演习大炮等九件事。
京营一向有占役、虚冒的弊端。占役，就是士兵为诸将服劳役，一个小营中这样的士兵能达到四五百人，并且还有卖闲、包操等弊端。虚冒，就是部队没有这么个人，诸将及勋戚、宦官、豪强以自己家的仆人冒充军队中的壮丁，每个月支取一份厚饷。邦华加以清查，收回了占役士兵一万人，清出虚冒一千人，三大营兵力十多万人，有一半是老弱之人。按照惯例，京营部队名额短缺时允许报加，这些老弱之人大都是通过贿赂进来的。邦华对各营士兵都亲自加以考试，不是年轻力强的一概不录用，从此京营中很少有随便充数的士兵了。
三营中选一万名先锋，七千名壮丁，他们的军饷比别的士兵多一倍，但是也一样是些虚弱不堪的士兵。邦华下令，每个把总手下五百士兵，每个月自行从中挑选五个人，年龄必须在二十五岁以下，力气必须在二百五十斤以上，本领必须是兼能弓箭火炮，每个月选送一回，添补先锋、壮丁的缺额。从此部队中人人都想要努力了。三大营下边领了六名副将，