误军机的边将姚信予以宽恕，朝臣一时议论纷纷。丛公不肯坐视，即行上疏，力请论处，孝宗照允，二人遭免，朝野称快，“大阅京营”。如此“在谏垣十余年，遇事必言，言必尽中。虽忤旨下狱，志不少挫”，丛兰因政绩卓著升任通政使司右参议，又明年转左参议。
武宗登基后，太监刘瑾迷惑君王，把持朝政，酷施杖刑，残害朝臣，巧立名目，横征暴敛，致使朝野上下胆战心惊，苦不堪言。为了进一步扩充实力，搜刮钱财，作为朝中干吏，丛兰被派往延绥督理军务，从此开始了他卫国戍边的军旅生涯。刘瑾爪牙借核实边功之名，到处罗织罪名，罚没边官钱粮，如此“命不时下”，“久不克完”，“一岁至再三举行”，致使很多边官纷纷“以罚米赔粮系狱”，很多边民纷纷“以催征逋负逼迫逃窜”，“将家由武举进者，分隶各镇类，愁寂不能聊生”，“其谪戌除名没产者，多出锻炼考察之令”，而“侦事之卒，纷纷四出，所过莫不危惧。”
刘瑾的恶行，使大明天下一时危机四伏，终于导致了安化王朱寘鐇叛乱的爆发，见朝政如此荒败，民生如此艰难，丛兰怒不可遏，他一边安抚边官百姓，一边上疏“奏陈十事”，痛责刘瑾弊政。疏中言道：“文武官罚米者，鬻产不能偿，朝臣谪戍，刑官妄引新例，锻炼成狱，没其家赀。校尉遍行边塞，势焰薰灼，人不自保。”力劝武宗“宜速改而不容绥者”。武宗批允，“疏至，诏悉行之。”对于丛兰的责伐，“刘瑾大恶之，矫旨严责。”给事中张瓒、御史汪赐等刘瑾奸党，亦“希旨劾兰”，“欲中以祸”，丛兰眼看就要大祸临头，然而此时边关告急，丛兰作为边关主将不易处置，刘瑾只好暂且搁置。所幸“数月，瑾诛”，丛兰方转危为安，丛兰不畏权奸、勇斥弊政、心怀社稷的胆略气节，赢得了朝野上下的一片赞颂，不久便晋升为通政使。
丛兰的胆略气魄，不仅展现在参朝理政上，而且在整军备战、卫国戍边方面也胆识过人，气魄非凡。丛兰入朝为官后不久，即在清理房山草料场、整顿京城防务中表现出非凡的军机处置才能，朝臣无不为之侧目，弘治皇帝由此加封其为兵科右给事中。丛兰从此得以参知军政，襄理军务，由此开始了他卫国戍边二十余年的军旅生涯。
身为军国重臣、封疆大吏，丛兰全心扑在百姓民生上，全心扑在边防建设上。“值岁旱”，田间干枯，禾苗奄奄，百姓心急如焚，齐向丛兰哭诉求救。丛兰“祷于群望”，清冤理狱，追悼亡灵，斋戒敬天，致使境内“鞫冤系释之”，不日“三边皆雨”，稼禾俱兴，