程畿，字季然，巴西阆中人，刘璋割据益州时为汉昌长。巴西太守庞羲因刘璋猜疑而怀有叛离之心，命令程畿的儿子征召士兵自保，程畿不止制止儿子的行为，还说服了庞羲，因此受到刘璋的赏识，被刘璋任命为江阳太守。赵云奉命入川攻打江阳时程畿投降，后来刘备取代刘璋担任益州牧，程畿担任从事祭酒。蜀汉建国后，程畿随刘备伐吴，刘备兵败夷陵后，程畿不肯撤退，奋力战死。
东汉末年，刘璋割据益州，程畿为汉昌长，巴西太守庞羲因天下混乱，认为巴西郡应该有武装卫队，此时汉昌县分布有少数民族賨人，賨人为人刚猛，秦汉之际，汉高祖刘邦借助賨人的力量以平定关中。于是庞羲命令程畿大量征召賨人为私人军队，有人在刘璋面前说陷害庞羲的坏话，说庞羲想要背叛刘璋，因此刘璋暗中怀疑庞羲，赵韪屡次劝告刘璋，刘璋不加理睬，赵韪也怀恨在心，于是反叛刘璋。
赵韪将刘璋围困于成都，东州兵和赵韪叛军力战，赵韪败退到江州，被杀。庞羲听说这件事后十分害怕，将要谋求自守，于是，庞羲派遣程畿的儿子程郁，宣布旨令给程畿，索取賨兵自助。程畿告知庞羲：“本郡募集私人军队，本来不是为了叛变，虽然有人播弄是非，但还是需要表达自己的尽诚之心；若必然因为感到恐惧，于是怀有叛离之心，并非是我程畿所接受的。”并告诫程郁说：“我受到一州的恩惠，应当为州牧竭尽忠诚和节义。你是郡吏，应当为太守效力，不可以认为我曾有叛离之心。”
庞羲遣人告诉程畿说：“你的儿子在郡里，不服从郡太守的命令，因此你的家族将受到祸害！”程畿回答说：“以前乐羊作为一个将领，喝了用他儿子的肉做成的汤，这不是父子之间没有情谊，而是因为君臣间的大义。如今，即使再次把我的儿子做成汤，我一定也会喝下去的。”庞羲知道程畿这样做必定不是为了自己，于是向刘璋表示表示深切的谢意，刘璋也宽恕了庞羲，在听说程畿的事迹后，任命程畿为江阳太守。
刘备夺取益州，逐领益州牧，任命程畿为从事祭酒。程畿随先主刘备东征吴国，蜀军于夷陵遭遇败绩，沿长江顺流而下退军。有人告诉程畿：“后面的追兵已经赶上，抛弃船只，便可以逃脱。”程畿说：“我在军中，未曾因为敌人弃船而走，何况跟随天子而遇见危险呢！”不久之后，东吴水军追上了程畿，程畿手持大戟，与将士们一起与敌军爆发激战，并击沉了部分东吴战船，只可惜东吴水军主力赶到，将程畿团团包围，程畿力战而亡，但却为刘备摆脱敌军的追击赢得了宝