时，召集儿孙，勉励多读诗书，谨言慎行，为官要廉洁奉公，爱民重士，居家要济困恤贫，亲邻睦里，以此作为告诫子孙的遗言。
裴应章病故后，地方官申文上奏，巡抚、按察申奏朝廷，神宗帝为纪念有功大臣，辍朝一日，以示哀悼，追赠他为“太子少保”。加封溢号“恭靖”。派遗官员为他营葬，还用皇帝名义派大员祭奠他，给裴应章以极大荣誉，他的坟墓在宁化安乐。
裴应章死后，清兵人关侵扰，时局动荡，边防告急，满朝文武官员，无不思念他过去的功绩。咸认为应章一生高风亮节，有卓见远识，不愧是大臣器才，并公议立“恭靖”牌坊。御史乔承诏为他立“天官家宰”坊，“奕世尚书”坊，这些牌坊，都是跨街设置在县衙前，系在今“清苑”前面十字路口。本县父老，以裴应章安邦定国，劳绩卓著，由地方官设祠纪念，春秋祭祀，以志功绩，他的著作有《编蒲》、《蠹余》，《谏草》、《焚余》、《庄子摘语》、《左传纂语》等流传于世，现巳荡然无存。