然俺答的骑兵如黑云压城至北方边境。祟古早在居正授意之下作好战事准备并以其孙要挟，俺答终于被迫妥协。居正顺水推舟应俺答之求，礼送把汉那吉回乡，俺答则把赵全等叛臣绑送明室。把汉那吉穿着皇上官赐的大红丝袍回鞑靼帐幕。俺答见到非常感动，表示以后不再侵犯大同，并决定请求封贡、互市，和明友好相处。
穆宗在居正等人的力劝下，诏封俺答为顺义王，并在沿边三镇开设马市，与鞑靼进行贸易，北部边防的巩固使张居正可以把注意转向国内问题。穆宗崩，年仅十岁的神宗继位，高拱因自己口无遮拦触动万历生母李太后神经，加之司礼监秉笔太监冯保对高拱不满向李太后进谗，李太后以“专政擅权”之罪令高拱回原籍。
于是，张居正在这一年担任了首辅，又加左柱国，进中极殿大学士，四次推辞都不被允许。他从省议论、振纪纲、重沼令、核名实、固邦本、饬武备等六个方面提出改革政治的方案，其核心就是整饬吏治，富国强兵。他批评空作王霸之辩的人“不知王霸之辩、义利之间在心不在迹”，而误认为“仁义之为王，富强之为霸”，明确地把解决国家“财用大匮”作为自己的治国目标，而要实现这个目标，首先巩固国防，整顿吏治。
张居正上疏实行“考成法”，明确职责，他以六科控制六部，再以内阁控制六科。对于要办的事，从内阁到六科，从六科都到衙门，层层考试，做到心中有数。改变了以往“上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐”的拖拉现象。考成法的实行，提高了各级部门的办事效率，而且明确责任，赏罚分明，从而使朝廷发布的政令“虽万里外，朝下而夕奉行”。张居正整饬吏治的目的主要还是“富国强兵”，这条红线贯穿于他的改革之始终，实行考成法的最大收获也正在于此。
张居正规定，地方官征赋试行不足九成者，一律处罚，据户科给事中奏报，地方官因此而受降级处分的，山东有十七名，河南二名，受革职处分的，山东二名，河南九名。这使惧于降罚的各级官员不敢懈怠，督责户主们把当年税粮完纳，由于改变了拖欠税粮的状况，使国库日益充裕。据万历五年户部统计全国的钱粮数目，岁入达435万余两，比隆庆时每岁所入250余万两之数，增长了74。财政收支相抵，尚结余85万余两，扭转了长期财政亏虚的状况。正如张居正自己所说的：“近年以来，正赋不亏，府库充实，皆以考成法行，征解如期之故。”可见，实行考成法虽是一种政治改革，但它对整顿田赋、增加国家财政收入起了很大作用。