编修了第一本中西文字典《平常问答词意》，首次尝试用拉丁字母为汉字注音。
利玛窦因病卒于北京，终年59岁，按照当时惯例，西方传教士死后本应移葬澳门，但在内阁首辅叶向高等人的斡旋下，万历帝破例准许利玛窦葬于北京西郊的藤公栅栏，使其成为首位葬于北京的西方传教士。