男，明神宗派使者前去验视，王恭妃大哭：“十三年来我同儿子一同起卧，不敢有丝毫的疏忽、不敢离开半刻，就是怕有变故，我的忧惧如今果然应验了啊。”使者不敢隐瞒，如实禀报神宗，皇长子的清白才算保住。朱常洛在嫡母王皇后、祖母孝定太后李氏的多方关照调护下，终得以平安长大成人。
儿子当了太子，但是王恭妃依然盼不到出头之日，她被幽禁在景阳宫，整整十年不能与儿子见面，晋封就更谈不上了。朱常洛的妾侍王氏生下皇长孙朱由校，太子有了儿子、明神宗有了孙子，而且朝臣们多年来的谏言力争，民间也议论纷纭，明神宗才借着给母亲加徽号的机会，顺便将王氏晋封为贵妃、皇贵妃。成为皇贵妃，听起来位极尊贵，其实因为皇帝的冷落，她凄惨的日子并没有什么改变，有名无实，始终受着迫害，一直被幽禁着，叫天不应、叫地不灵，在她身患重病时，明神宗也没有去看望过她。
王恭妃病危，朱常洛请旨见母亲一面，明神宗同意了，当太子赶到母亲居所时，景阳宫依然深锁不开，太子无奈，只得找太监拿来钥匙，破锁而入。临终时，王恭妃终于见到了自己的儿子，可惜早已双目失明，她伸出手抚摸着儿子的衣服，百感交集，凄然泪下：“你终于长大成人了，我死而无恨。”母子俩抱头痛哭，太子的侍从们也纷纷落泪，大伙哭的头都抬不起来，王氏气绝而死，在深宫中苦熬了近30年，却始终没有盼到出头之日，就这样离开了人间。
王恭妃生前受到百般摧残，后事也不顺当，王恭妃死后，明神宗并不把她的丧事放在心上，对她择地安葬之事，是极为刻薄的，依照他的本意，草草埋葬了事。但大臣们不服，首辅沈一贯、大学士叶向高数次上折，大学士叶向高上言：“皇太子母亲贵妃去世，葬礼应当从厚。”言儿子是太子，葬礼应当按明世宗皇贵妃王氏的规格办理。明神宗却欲按明世宗皇贵妃沈氏的规格办理，一再拖延，最后还是按前朝未生育子女的沈皇贵妃的礼仪办理了。当时，正值八月，天气炎热，棺椁又经十个月的停放，尸体早已腐烂不堪，礼部左侍郎翁正春上疏请示王恭妃的安葬事宜，过了两天，明神宗才命人到天寿山卜地，选得了东井左侧的平岗地，经他同意，在那里正式营建了坟园。将王恭妃葬在明十三陵陵区内东井左侧的平冈地，谥“温肃端靖纯懿皇贵妃”，其随葬金制品极少，棺内除了为数不多的丝织品外，仅有银锭数枚和一些银制器物，金锭一枚也没有放。
明神宗不派人守坟，也不拨给守坟的费用，轰动朝野、企图打杀太子的