健，在他退休的第二年三月，刘瑾等人诬陷五十三人为奸党，榜示朝堂，而刘健位列第一。
刘健被削职为民，并夺去一切封号，刘瑾被诛杀，刘健官复原职，刘瑾被杀后，武宗仍然宠幸宦官张永等人，数次南下巡游，沿途不断骚扰人民。刘健听说后，气得吃不下饭，连连叹息说：“我辜负了先帝的重托啊！”
朱厚熜即位后，专门命行人来慰问刘健，把他比做北宋名臣司马光、文彦博，并大加赏赐。这年刘健年满九十，世宗下诏命令大臣专门到刘健家里送上束帛、饩羊、上尊等，并封他的孙子刘成学为中书舍人。刘健逝世，享年九十四岁，刘健死后，留下数千言的奏章，劝世宗正身勤学，亲近贤才，远离奸佞。世宗闻讯后，十分惊愕悲悼，为其辍朝一日，派官员按例赐祭葬，并追赠刘健为太师，谥号“文靖”。
刘健，气度威严，以身作则，退朝后，同事私下晋见，他不说一句话。李东阳用诗文引导后来人，海内人士都击掌谈论文学，唯独刘健执意教人研究经学，寻求性理的根源。《明史》称其“事业光明俊伟，明世辅臣鲜有比者”。