何起鸣，字应岐，号来山，四川内江人，进士，官至工部尚书，卒赠太子太保。任陕西盩厔县知县，以廉敏闻，作集贤书院，录士之才者教之。调任工科给事中，给事中郑钦弹劾工部尚书朱衡为贪功而虐待百姓，何起鸣受命前去勘察治河工程。朱衡巡行到决口，旧渠已成陆地，但盛应期所开新河故迹尚在，因地势高，黄河决堤到昭阳湖不能再往东，于是议定计划进行开凿。
潘季驯则认为新河土浅泉涌，耗费将不计其数，留城以上故道初次淤塞可以恢复。从此二人便有了隔阂，何起鸣到了沛县，回到京城，上奏说：“旧黄河之道难以恢复的原因有五，黄河完全改道必然减缓上游水势，新集、庞家屯、赵家圈都在上游。以无计其数的资财，投入到河流已经废弃的故道，势必不能这样做，此其一；从留城到沛县，广阔之地已成巨大的湖泽，没有地方施工，此其二；横贯敷十里，撩起衣裳都役道路可走，十万之多的民工到什么地方栖息，此其三；疏通则烂泥陷入，修筑堤岸但又无土，并且南边堵塞则又向北奔流，此其四；夏秋季节雨多水大，难以保证不淤塞，此其五。新河开通费用省，并且可以杜绝以后溃决的水患。应当采纳朱衡的计策开通新河，同时采用潘季驯的计策，不全部拾弃旧黄河。”朝廷大臣议定，朱衡就决心开辟新河。
在京察过程中列入拾遗的名单中，京察拾遗指的是原来的考核有遗漏，让专司监察的科道官再议，大凡工部尚书，必须要搞好和内宫太监的关系，因为工部主管工程建设，而宫内的建设项目是最多了，往往是工部官员和宫内管工程的太监一起勾结分肥。何起鸣和宦官张诚很好，张诚替何起鸣运作，给事中陈与郊在人授意下，上书将何起鸣和主持京察的辛自修放在一起评论，实际上是攻击辛自修而替何起鸣开脱，辛自修被攻击后托病辞官。御史高维嵩、赵卿、张鸣冈、左之宜意气不平，上疏弹劾何起鸣，何起鸣被迫致仕。正好万历帝听信了张诚的话，相信何起鸣而怀疑辛自修，便责备高维嵩，说“朝廷每用一人，言官辄纷纷排击，今何起鸣去，尔等举堪此任者。”将高维嵩等人调出京外，一些官员又立刻上疏为高维嵩抱不平，遭到处罚。
何起鸣，在任职期间，先后主持过整治黄河故道、修建皇陵等工作，实地勘查沿河两岸后，排他议，力主新河开凿，而不弃阻塞之旧河的治河方案，施工时精细管理，勤俭节约，节省了一大笔修建资金。