景隆军打得大败而逃。姚广孝对保卫北平，保全燕王的创业基地做出了重要贡献，而且大大削弱了朝廷的军事实力。燕王起兵三年，与朝廷各有胜负，但没有突破性进展，仅仅保住了北平、保定、永平三府而已。
燕王和姚广孝敏锐地意识到，长此下去，别说夺取朝廷政权，就是生死存亡都很难预料。在这危急的关头，姚广孝不愧为一个出色的谋略家和军事家，他在总结了三年的作战得失后，提出了令人难以想象的奇谋，这就是：“毋下城邑，疾趋京师。京师单弱，势必举。”这一奇谋的提出，燕王没有想到，建文帝更没有想到。谁敢出这样的计谋啊？谁能想出这样的神机妙算啊？燕王高兴地说：“频年用兵，何时已乎，要当临江一决，不复返顾矣。”而燕王按照姚广孝的谋略，甩掉了朝廷部署在北方的重兵，在其兵力薄弱的地带穿插突进，竟然在短短四五个月中攻到长江北岸，与京师仅有一江之隔。
至此，建文帝惊恐失措，无计可施，只得请求割地求和。燕王已稳操胜券，攻取京师只在旦夕，因而对建文帝的求和置之不理。朱棣挥师自瓜州渡长江，建文帝派兵迎战，均告失败。燕军兵临城下，建文帝政权岌岌可危，谷王朱橞、大将李景隆等开城投降，京师遂告陷落。宫中火起，建文帝不知所终。燕王朱棣进入京师，终于夺取了明朝的政权，当了皇帝，他就是赫赫有名的明成祖，定年号为永乐。
当朱棣得了天下之后，姚广孝却学起来张良，选择半退隐，继续做一个和尚，为了报答姚广孝的功劳，成祖让姚广孝蓄发，姚广孝不肯；成祖又赐给他府第和两名宫女，姚广孝也不肯接受，仍然住在寺院。在朝堂上，他的衣着和身份，不仅在当时独一无二，而且在历史上也是少有的，姚广孝以钦差身份前往苏湖赈济，这是一种特殊的荣誉。离别故乡二十余年后，他终于衣锦还乡了。但是，回到故乡时，他的父母均已去世。父母没有看到他的功成名就，这不免使他感到有些怅然。
姚广孝带着复杂的感情，将父母的灵位放进了少时出家的妙智庵，姚广孝回京后，养了一只雄鸡，每天听到鸡叫，他就起床，可谓“烈士暮年，壮心不已”。就这样，他度过了他一生中最后的十几个年头。姚广孝晚年最有成效的工作是先后主持了《永乐大典》和《明太祖实录》两部大书的编修。原来主持编修《永乐大典》的是解缙，解缙并没有理解皇帝编修这部巨书的宗旨。永乐二年二月，这部巨书完成后，定名为《文献大成》，上呈皇帝审阅。成祖对这部书不太满意，命姚广孝等人重修。永乐五年