支运粮数十万给民，且与之种”，赈饥回京后，升任右都御史。林聪巡抚大同，苦心筹划，整饬军务，加强边备，因积劳成病辞官。病愈后应召，掌南京都察院事，升任刑部尚书加太子少保，虽已年过六旬，但仍夙夜匪懈，详核案件，为蒙冤的死囚平反，总数不下600人，由于秉公办事，声望益著。
林聪与宦官汪直、定西侯蒋琬往辽东查办案件，上疏乞归未准，病逝于任上，享年六十八岁，朝廷诰授荣禄大夫、太子少保，谥庄敏。林聪著有《奏议》8卷、《见庵文集》14卷，有抄本流传。