哲惧郑贵妃迁怒于己，便百般推诿，说：“帝讳病。即问，左右不敢传。”杨涟立即引宋代文彦博的先例，要方从哲率百僚一日三问“第令宫中知廷臣在，事自济”，方从哲不便再推，只好照办。
朱翊钧驾崩后，朱常洛即位，是为光宗。然而，朱常洛登基四天后便一病不起，当时宫中纷纷传言，说朱常洛之病是因为郑贵妃进献八位美女，致使朱常洛身体亏损，又唆使中官崔文升进泻药，使其病情加重。杨涟听到这些传言深为朱常洛担忧，决心清除郑贵妃对朱常洛的威胁，于是便联络朝臣，共请郑贵妃移宫，将她从光宗身边赶开。又上疏劾崔文升“用药无状”，同时揭露郑贵妃欲封皇太后的野心。杨涟此疏，语言犀利，火药味很浓，大家都担心朱常洛看后会很不高兴。奏疏上陈三日，仍没有动静，正要松一口气，忽然宫中传出话来，朱常洛将于明日召见大臣，并特宣杨涟和锦衣卫官校。朝臣们心里都知道，宣锦衣卫官校入侍，一般都是令其执行“廷杖”。大家推测杨涟此次被召一定是凶多吉少，方从哲劝杨涟赶紧上疏请罪，杨涟执意不从，称“死即死耳，涟何罪”。
次日，众臣入朝朱常洛，朱常洛有气无力地说了些要大家各尽其职，效忠朝廷的话，便把目光转向杨涟，盯了他许久，始终不说一句话。大家正在担心，忽听朱常洛叹了一口气，指着杨涟对大家说：“此真忠君。”下旨驱逐崔文升，收回封郑贵妃为太后的圣旨，并且还让杨涟当上了顾命大臣，杨涟对朱常洛的信任非常感激，从此更是孜孜不倦，誓死报效朝廷。
朱常洛驾崩，他的宠妃李选侍欲效仿当年的郑贵妃，准备将朱常洛的长子朱由校藏起来，“挟皇长子自重”。外臣周嘉谟亦以皇长子既无嫡母，又无生母为理由，主张抚孤于李选侍。李选侍阴狠狡诈，朱常洛在时，她便恃宠骄横，独霸后宫，朱由校的生母王氏便是被她害死。后来，她又趁朱常洛病重，与郑贵妃勾结，要求封郑贵妃为皇太后，封自己为皇后。一次，朱常洛被她纠缠烦了，便召几位大臣商量，准备封她为皇贵妃，不料躲在门幔后偷听的李选侍不满意，竟然从幕幔后伸出手来将站在朱常洛旁边的朱由校拉进去，耳语了一番，便将其推出。朱由校当即便跪在地上请父皇封李选侍为皇后，如此僭制违礼，不仅使在场的大臣面有怒容，连朱常洛也为之“色变”。为防止李选侍挟持皇长子干预朝政、扰乱国体，杨涟等一批正直朝臣决意铤而走险，力挽狂澜。
当天上午，杨涟、左光斗促同大学士方从哲、刘一燝、韩爌等朝臣一齐到乾清宫，刚至乾