姜洪等力荐怀恩足副任使，得以召回，仍掌司礼监。怀恩执正如故，万安等忌何乔新刚正，把他排挤到南京任刑部尚书，怀恩不平，提出质询，又鼎力劝逐万安，用王恕。孝宗于宫中得阁臣万安进房中术的小箧，遣怀恩到内阁质问，并把群臣弹劾的章奏读给万安听，万安仍企图蒙混过去，被怀恩摘了牙牌，轰出宫外。陈准掌管东厂时，不妄生事端，也是因与怀恩关系密切，受到了怀恩的影响。
不久，怀恩由于积劳成疾而长辞人世，为了表彰怀恩的功德，孝宗特意批推为他建造显忠祠。