带酒食到刘六、刘七大营“开诚慰谕”，众义军首领对马中锡也颇为敬慕，相约作战时不许侵害故城马都堂家。由此，给朝中佞臣攻击马中锡以口实，纷纷上疏弹劾，谓其“以家故纵贼”，朝廷听信谗言，以“纵贼”罪将其械送京师，历尽磨难的马中锡未等到审决，即病死狱中。
巡按御史卢雍追讼中锡冤，说：“贼实际上愿意归降，但佥事许承芳对此事有顾虑，暗中请求增兵，是在怀疑贼的用心。等到贼再次受约谈归降之事，刚到军门，而马中锡的槛车已经在路上了。”朝廷于是恢复了马中锡的官职，赐祭，荫子。
马中锡长于散文，能不依门傍户而卓然自立，文章写得横逸奇崛，成就颇高，创作的寓言故事《中山狼传》，写东郭先生以“兼爱”之心救狼，险被狼所害。说明对狼一样的恶人绝不可讲仁慈或抱任何幻想。相传此作是讽刺李梦阳负康海搭救之恩的。《中山狼传》文辞华丽优美，故事发人深省，深受后人的喜爱。明清两代曾多次被改编成杂剧搬上舞台，现代又将它搬上了荧屏。马中锡亦工诗，其诗善写景，尤长于借景抒怀、感叹兴亡，马中锡死后，由其子马师言集其诗文编为《东田漫稿》6卷，今存。