奏疏写好，放入怀中然后上朝，正好赶上吴中行等人受廷杖刑，邹元标等打完棍子后，把奏疏拿出来交给中官，哄骗他说：“这是请假的奏疏。”等奏疏呈上后，张居正十分恼怒，也将邹元标打了八十棍子，贬职流放都匀卫，都匀卫位于万山丛中，与少数民族杂居，邹元标处之泰然。更加专心研究理学，学问得到很大的进步，巡抚御史受张居正的指使，将要陷害邹元标，路过镇远在那里住宿，一个夜晚，御史突然死了。
邹元标流放了六年，张居正去世，征召授官吏科给事中，首先陈述培养道德观念、亲近大臣部属、严肃法令准则、尊崇儒家品行、整顿地方吏治五件事。不久，弹劾罢免礼部尚书徐学谟、南京户部尚书张士佩。
慈宁宫遭火灾，邹元标又上疏陈述有关时事政治六件事，其中说道：“臣先前进献无欲望的教诲，陛下尝试自我检查，是真没有欲望呢，还是节制了欲望？俗话说：‘要想人不知，除非己不为。’陛下的确应该尽快彻底地自我检查，着意节制自己的欲望。”这个时候，明神宗正当壮年，沉迷于声色巡游、宴席，以为邹元标指责自己，很不高兴，降旨责怪他。首辅申时行因为邹元标是自己的门生，却弹劾罢免了他的姻亲徐学谟，也心怀不满，于是把他贬职为南京刑部照磨，调任兵部主事。
征召改任吏部，提升员外郎，因病免职，后起用候补验封，陈述吏治十件事，百姓疾苦八件事，奏疏接近一万言。文选员外郎空缺，尚书宋熏请求任用邹元标，很久都没有消息，宋纁接连上疏催促。给事中杨文焕、御史何选也帮着说话。明神宗大怒，斥责宋纁，将杨文焕、何选贬到外地，而将邹元标调往南京。刑部尚书石星为他辩解，也遭到明神宗的责备。
邹元标在南京过了三年，称病回家，很久之后，起用为本部郎中，不去赴任。不久，母亲死，定居乡里讲学，跟他学习交游的人一天比一天多，名气也越来越大，朝廷内外上疏举荐被遗失的人才，共有几十甚至百道奏疏，没有不把邹元标列在第一位的，终于不被起用。邹元标整整三十年居家讲学，未涉仕途，在这期间，邹元标与顾宪成、赵南星成为“东林党三君”。
明光宗即位，征召邹元标为大理寺卿，尚未到任，被提拔为刑部右侍郎。邹元标重返朝廷，有感于朝内党派纷争，大臣各怀偏见的情况，向明熹宗进谏“和衷”之议，说：“现在国家这个样子，都是二十年来各大臣纷争酿造成的。过去不选拔人才、礼让贤能，却天天嫉贤妒能，压制人才，讨论事情的人又不能心平气和，反