修《辽史》，《金史》和《宋史》，除为治书侍御史后，仍然参与修史的工作。不久，命李好文参议中书省之事。工作十天后，因编修史书工作繁忙，仍回原职任治书，后来，又任命李好文为陕西行台治书侍御史。当时，行台之中官吏人员不够，李好文一人独自处理行台中的各种政务。朝廷派使者出巡西蜀，使者官报私仇，污蔑西蜀廉访使曾文博，佥事兀马儿和王武等人犯罪。曾文博被迫害死；兀马儿忍受不了拷打而被迫承认有罪，王武不屈服，被处以轻君侮上之罪。李好文闻听后说：“奉使代替天子巡行四方，应当察问民间百姓的疾苦，处罚邪恶，伸张正义。而现在，从行者到各郡县，不曾听说举劾过一个人，惟独有关的官吏，却没一个能够幸免的，这怎么符合正大光明的原则呢？”李好文便率领御史极力辩解王武等人的冤枉之情，并谈了十几件奉使不不法的事情。至正6年，任李好文为翰林侍讲学士，兼国子监祭酒，又迁改集贤侍讲学士，仍然兼任国子监祭酒的职务。
李好文出朝任参知湖广行省政事，改任湖北道廉访使，不久，又召任为太常礼仪院使。元顺帝因为皇太子年龄逐渐长大，为加强教育，开设端本堂，令皇太子入学其中，令右丞相脱脱，大司徒牙不花二人负责端本堂的事务，而命李好文以翰林学士的身份参与教育皇太子之事。李好文极力推辞，上书宰相说：“古代三代的圣明君王，莫不把教育太子放在优先的位置上，盖帝王君主治理天下之术为根本，古代圣贤的道保存在经书之中，而传司经书是为明习治天下之道，出京师治理民政事务是为了锻炼能力，关系重大，关键在于要选得合适的人。如果自身的品德行为不足为人模模，便不能胜任养育太子德行的重任。如果自身学问不是臻于高深的境界，便不足以启发太子的聪明过智。应该选求品学兼优的鸿儒，以辅助养育有关国家兴衰的盛事。而我李好文天资本来就低下，在别人心目中的地位素来就很轻，草野乡村的习气已积久成习，难以祛除，章句学问的功夫又因忙于俗事而耽误已久。突然肩负这样的重托，实在是难以担当。请一定选择比我更好的人，这样国家可以因得人而兴盛，而我也免于被别人讥刺妨碍贤人进身之路。”丞相把李好文的书信呈献给了元顺帝，元顺帝赞叹了他，却不答应李好文的请求。李好文说：“要想求得古代圣贤的二帝三王之道，必须由孔子的儒学入门，这些书有《孝经》，《大学》，《论语》，《孟子》，《中庸》等。”李好文又将这些书的要点摘出来，按照经书的意思加以注释。又博取历史传记和前代学者的论说中那些有