驱逐刘瑾，他的同谋者只有周昂等十八家及安化府中人。一些军镇因畏惧刘瑾，不敢上报朝廷，右佥都御史巡抚延绥黄珂封好朱寘鐇的檄文上告，并上书言八事。朱寘鐇遣魏镇等利诱广武营，被孙隆用弓箭神枪击退，曹雄亲自率兵到灵州，相邻的军官都指挥韩斌、总兵官兴武营守备保勋、参将时源都响应曹雄号召，派兵会合曹雄，黄珂急令保勋、时源分兵扼河东，叛军不敢出。
朱寘鐇作乱期间，关中大震，内外危惧，刘瑾出于害怕，藏匿其檄文，还将以檄文示人的指挥徐鲲问罪判斩刑、全家戍边，出理延绥屯田的左通政丛兰奏陈十事，被刘瑾厌恶严责。当时延绥总兵署都指挥佥事马昂屡被弹劾，武宗已命给事中蔡佑查勘，因朱寘??作乱，此事中止。刘瑾矫诏改心腹户部侍郎陈震，为兵部侍郎兼佥都御史，暂行总制事，讨伐朱寘鐇。当时众人推举右都御史杨一清提督军务，刘瑾无奈附和，认为杨一清肯定推辞，希望陈震成功。
武宗起用杨一清总制宁夏、延绥、甘、凉军务，讨伐朱寘??，以太监张永总督宁夏军务。升时任协守宁夏副总兵都指挥佥事杨英，为右府署都督佥事，挂印充总兵官，发延绥官军一千五百人归其统领，以时任镇守宁夏游击将军都指挥佥事仇钺，充副总兵官，灵州守备都指挥佥事史镛，充游击将军。
仇钺是杨一清以前的部将，当时传言仇钺已经投降叛军，朝臣们又想追回敕书，大学士杨廷和认为仇钺不会叛变，加官正好使他更忠于朝廷，不可以追回敕书把良将送给敌人，并起草赦免诏书，请求提拔仇钺，离间叛党。保勋与朱寘??联姻，被怀疑为外应，但也被朝廷商议用为参将讨伐叛军，保勋上疏陈说母亲和妻儿都在叛军中，愿意不顾家庭讨伐叛军。都指挥佥事保绩当时骑马告变，被兵部认为勇略素著且志节可嘉，得实授充右参将、分守宁夏东路，赐敕书奖励。马昂仍被罢免。
武宗令廷议朱寘鐇之罪，兵部与英国公张懋等商议削去其封爵，选命武将一人与杨一清同讨叛军，推举泾阳伯神英充总兵官。武宗同意派官员去宗庙，革除朱寘阑王爵，以神英佩平胡将军印，充总兵官，与杨一清节制京营及陕西、宁夏、延绥、甘凉各路军马讨叛军。武宗大赦天下，削朱寘??属籍，御马监太监陆訚受任管领神枪，与张永都被赐诏书可选京营军精壮者三万人出征，武宗并令御史一人随军纪功，户、工二部各差官一人整理粮饷器物。武宗着戎服在东华门送杨一清、张永等，赐关防、金瓜、钢斧，因兵部指出没有过总督军务太监关防，给张永的关防是特赐