胜，很快便奏凯班师了。
龚永吉因护驾有功，被宣宗器重，被举荐为会试掌卷官，三年期满考绩上乘，升阶承事郎。朱瞻基驾崩，由年仅9岁的儿子朱祁镇即位，亦即历史上的英宗，龚永吉升武选清吏司郎中。宦官王振乃朱祁镇年幼时即朝夕侍侧的太监，适值王骥奉旨筹边，迟延未复，王振乘机诬陷王骥图谋不轨，代英宗下旨将王骥下狱。龚永吉因是王骥的得力助手，在劫难逃，被贬谪至陕西平凉，平凉地处边境，生活十分艰苦，人皆为之不平，但龚永吉毫不介意，忍辱负重奉命赴任。
在太皇太后的直接干预下，王骥被释出狱，官复原职，英宗要他负责抵抗外来侵略的军事行动，王骥又极力保举龚永吉辅佐副总兵都督赵安、兵部侍郎柴车出征。英宗准奏，即命快马至平凉宣读诏书，龚永吉奉命在平凉与赵安、柴车合兵一处，过海子赤林、渡流沙河，直抵铁门关。在与北国交兵中，他献计献策甚多，并身先士卒，奋勇杀敌，屡立战功，因功著而官复原职。
龚永吉被贬谪平凉时，母傅氏去世，但因属被贬官员，行动不能自由，无法回家奔丧。现今官复原职，母亡已逾三年，他向英宗提出了归里祭扫先母的请求，但恰逢南方战事又起，龚永吉的祭扫先母之愿又成泡影。云南孟养府苗民首领思任发久存反叛之心，他看北国犯边，乘机起兵谋反，占缅甸，犯麓川，气焰十分嚣张。英宗命王骥亲自挂帅领兵征讨，龚永吉随军辅佐。
王骥率兵15万，分三路杀往云南，他多次采纳龚永吉的计策，火攻木笼山连破七寨，矢射铳击大象阵，大败蛮军，思任发的叛乱终于被平息了。一波未平，一波又起，南方战争刚刚结束，西北边战祸又起。因此，王骥所统的大军不能班师回朝，而是奉命开赴西北的延绥、宁夏、甘肃等地去征讨犯边的北国了。龚永吉通过详细的侦察，对远近各处的险关易隘均了如指掌，为王骥破敌提供了可靠的决策依据。王师凯旋，龚永吉功不可没，朝廷中的文武大臣均以王骥能知人善用而称道，谓龚永吉“其德真足以致君而泽民，其才真足以折冲而御侮”。战争结束，龚永吉两次提出归里祭扫先母之请求，终于获准回乡，时距母丧已长达十年之久，服孝期满，回京复职。
龚永吉治军严明，他号令三军不许骚扰百姓，不许乱杀俘虏，对犯错误的将官、士兵亦区别情况分别对待，做到赏罚分明。时有押粮官十余人，因行动迟缓耽误了到达日期，按军令当处斩刑，但龚永吉认为云南地处山区，崇山峻岭连绵，耽误时间在所难免。于是他挺身而出为他