当时征讨流寇，调度繁急，连岁灾荒，正赋不足，孙交筹划适宜，勉力支撑，既保障了前线的供应，又使饥民得到赈荒救济，因此老百姓不至于十分贫困破敝。
孙交的贡献，得到了武宗皇帝“赐玉带麟服”的奖赏，也使他陷入地位不保的尴尬，贪赃者认为有孙交在，感到很不方便。特别是武宗皇帝准备以太平仓赐给幸臣裴德、云南镇守中官张伦奏请开采银矿、南京织造中官吴经奏请经费等问题，孙交态度坚决予以否决，因而群起攻之。孙交与礼部尚书傅珪都“以守正见忤”，权幸“遂矫旨令二人致仕”，当时给事中李阳春、御史原轩等为他们请留求情，没有被武宗皇帝采纳。
封国湖广安陆州的宪宗四子兴王朱祐杬，十分看重孙交的品行和才干，与他交往甚密，连宫中想吃的食物，也“令中使于孙尚书家索之”，还专门把紧靠阳春台旁边的一块闲地，割让给孙交“以益其宅”。后来嘉靖皇帝继位以后，有中官告孙尚书侵地，世宗说：“此先皇所赐，吾敢夺耶”？这一方面说明嘉靖皇帝的确是个孝子，非常尊重父亲生前的决定，另一方面说明嘉靖皇帝还在钟祥王府生活的时候，就已经知道了孙交的为人，所以才有“世宗在潜邸知交名，甫即位，召复故官”。
兴王与孙交的交往差一点让他们成为儿女亲家，这是因为孙交有一个如花似玉的千金小姐，而兴王世子朱厚熜也长得少年英俊，兴王越看越喜欢，欲聘为世子妃。与王爷结为皇亲，这件事在普通人眼里是求之不得的，然而孙交却是一位久经政治熏陶的老臣，深知道这其中的利害，又不好拒绝，十分婉转地说：“王爷私下待我甚厚，这没什么好说的，但如果要把我的女儿纳入王宫，别人会说是我在巴结王爷想做皇亲，我不愿意让别人误解我，因此只能感谢王爷的一片好意”，兴王心中虽有不悦，但他知道这事强求不成，只得敷衍了事。
朱厚照驾崩无子嗣位，朱厚熜按太祖“兄终弟及”的遗训进京登基，成为明朝第十一任皇帝，世称嘉靖皇帝。这位少年天子公私分明，虽然与孙家小姐联姻不成，但他不计前嫌任人唯贤，当有人提出让孙交复官的建议后，立马得到了批准。御史周宣奏请说：“图国家治安在培养士气，培养士气在辨别忠邪……至如大学士谢迁、刘忠，尚书孙交、邵宝……先朝旧臣，素协时望，宜亟赐召用，使天下知守道不回之士虽遭废斥，尚有登用之期”。嘉靖皇帝立即批转所司议行，吏部奉诏查先朝直言守正降黜并乞归诸臣，拿出了“待次征召”的计划。
嘉靖皇帝下达了征召户部尚