书孙交复原职的诏书，并且“遣官赍敕征之，令即日驰驿来京”，可见新皇求贤的心情是非常迫切的。官复原职对吃官饭的人来说，肯定是一件天大的好事，但孙交并不愿意，而是多次上疏“辞免新命”，其中的原因在当时就有人说是“女不欲纳王宫”，“盖以此自嫌”，这也是猜测之词，但有一点不可否认，“其女终生不复嫁人”。也许这是原因之一，也可能他真的希望把机会留给别人，究竟为何只有他自己知道，当然孙交的辞免是无力的，并且越是辞免嘉靖皇帝就越是坚持。
孙交以衰老不能赴召的辞疏上达朝廷，嘉靖皇帝当即回复：“卿累朝耆旧，清慎老成，顷以佥言召用，且令吏部遣官趣行，其遵初命，即日就道，以副朕简贤图治至意，慎无再辞”。嘉靖皇帝批准侯观乞休之后，户部暂时由左侍郎秦金主其事，户部尚书的位置对孙交早就已经虚位以待了，风尘仆仆赶到北京的孙交再次上疏辞免，嘉靖皇帝仍然不批准，还赞扬他名德老成，让其快快就职，孙交仍然不安心，只到他第三次以身体有病要求退休的请求遭到驳回后，才暂时打消了辞归的念头。
此时的孙交虽然已经年近古稀，但他仍然十分敬业，他没有忘记老兴王过去对他的厚爱，为了大明的江山社稷，这位历经四朝的老臣，第一道奏章，就是要嘉靖皇帝坚持日读《皇明祖训》，还要求皇宫的学习讲座每天都要开讲并且长年不断。他认为“圣祖精神心术尽在此书，深有得于大学之道”，言行都要遵循准则，“合则决然行之，悖则决然止之，如此则圣心允合于圣祖之心，而圣治亦可以同符矣”。嘉靖皇帝看到奏章非常高兴，“览奏具见忠爱，朕当一一讲明施行”。
孙交在户部尚书的位置上发挥了许多这样独到的作用，如议迁显陵到天寿山一事，孙交向嘉靖皇帝建议说：“山陵事体重大，太祖欲迁仁祖于钟山，就是担心泄漏了灵气才没有实行，这些事在《皇陵碑》上写得清清楚楚，所以要慎重”。他的一番话让嘉靖皇帝取消了迁移钟祥显陵的计划，他兴利除弊不遗余力，如武宗后期所形成的侈汰风气，造成库藏殚虚。孙交采取裁减中官冗员，除去经制宿弊等办法，使国力逐渐恢复。如正德中，上林苑内臣至99人，侵夺公私地不计其数。嘉靖皇帝即位后命留18人，但不久又复传奉至62人，孙交乞汰如初，且侵夺地尽数归还。御马监阎洪请给外豹房地，孙交说：“先帝以豹房故，贻祸无穷。阎洪等欲修复以开游猎之端，非臣等所敢闻”，在他的坚持下只颁诏以地十顷给豹房，余令百户赵恺等佃种如故。他还奏疏认为