吴廷举，字献臣，号东湖，父名俊，母黄氏，从小就过继其大伯父吴英为嗣子。吴英早死，靠大伯母骆氏抚养成人，家素贫寒，嗣母以洗衣缝纫度日。幼时曾患恶疾，家人疑其必死，但在嗣母日夜辛劳护理下，竟能起死回生，刻苦治学，读书过目不忘，下笔顷刻立就。
吴廷举十六岁乡试中举，二十九岁会试登进士，授广东顺德知县。当时，巡察湖广的都御史屠滽召见廷举，温和地对他说：“顺德大珰某嘱我修其家庙，可稍葺之。”廷举拒绝向百姓派工派款替权责修建祖先祠堂，他说：“令非有旧例新恩，一夫不敢役，一钱不敢费。”明代太监受宠信、权力大，地方官都惧其威势而迁就奉承，吴廷举竟拒绝为宦官“办事”，这在当时是难能的、罕见的。
皇帝也常常给太监委任官职派往各地执行政治任务，当时派驻顺德市舶司当提举的，就是一个太监。按照市舶司提举的惯例，“常以银委买葛布充贡”，所谓“以银委买”是装假样子，实际是敲诈勒索，地方官接银后却命下属按银数向民间索取所需的葛布，而以原银完封归还。廷举却不理这一套，当市舶司提举交银与他代买葛布时，他“即用其银买二匹，自送于司曰：‘承委买布不识可否，先买二匹为式，倘以为可买则买之，如不买则还原银。此布出自雷州，非吾邑所产也。’太监大怒，取银去。”太监原想从吴廷举手中诈取南方名产葛布，却料不到吴廷举假戏真做，要实买实卖，要布就得付银，不要布方可退银。这叫太监哭笑不得，因而记恨于心，造谣中伤。
监察御史兼湖广巡按汪宗器，听到关于吴廷举屡抗上官的种种流言蜚语，对廷举产生怀疑。这时，吴廷举下令把顺德二百五十间淫祠拆毁，将材料作为修造书院和筑堤防洪之用，这本是一举两得的好事。可是，汪宗器误信谗言，立即将廷举逮捕下狱，迫令供认借拆庙之机从中贪污舞弊，廷举“囚服梏手，日诣讼所。”顺德县百姓和属吏都为廷举抱不平，群向汪宗器泣诉，证实吴廷举正直无私，要求平反此案。汪宗器查悉实情，内心大惭，宣布廷举无罪并致歉意。
吴廷举在顺德任职十年，“毁淫祠，刊家礼，导民冠婚丧祭，存赡鳏寡孤独，冰蘖自持，有强项民。”对权贵勒索百姓财物，他敢于顶住不给。“有使者道经顺德，索其人事夫马柴薪，以为常例，”廷举非常反感，坚决抵制，“挺身与之角，卒不与。”吴廷举受命知松江府，到任数月，兵部尚书马文升、方伯刘大夏荐廷举可用，遂命为兵部佥事，协助总督潘蕃管南海兵事，后兼屯田、盐法道职