多。唐顺之知道危害东南沿海一带各大城市的倭寇，到处攻城略地、打家劫舍，苏州、松江、宁波、台州均曾遭其蹂躏。唐顺之面对这样的现实也是极为愤慨，他为此痛心疾首，下定决心一定要把倭寇赶尽杀绝，可是唐顺之知道赵文华是严嵩的心腹爪牙，久为士流所唾弃，如果在赵文华的推荐下复出，自己就会被认为是严嵩同党，必然会招致非议。
因此，他以服父丧为由，推辞了朝廷的任命，严嵩听说唐顺之屡次拒绝任命，就让人带话恐吓他：“闻唐荆川欲学吴康斋，视吾辈荐用者为石武清。”吴康斋指吴与弼，石武清指石亨，严嵩认为唐顺之是把自己当作石亨那样的弄权大将，不愿意合作，威逼之下，唐顺之压力巨大。经过一番推托，唐顺之最终再度出山，赴京述职，他曾就此事商议于罗洪先。罗洪先说：“你从前已隶属官籍，你的身子并非你自己所有，怎么能和一般隐士相比？”唐顺之于是出任，然而他的声名亦因此颇受损害。
唐顺之到北京，得到了严嵩的赏识和器重，不久又被提升为职方郎中，此时大海盗汪直被胡宗宪诱捕斩首，东南形势略有缓和，西北边境却形势吃紧，重镇蓟镇驻军缺额很多，平时也缺乏训练，遇到敌情，全依赖其他地方的援兵，经常处于被动的态势。严嵩就派唐顺之巡师蓟镇，核实兵额，唐顺之奔波了两个月，了解到驻军的许多弊病，写了一篇《条陈蓟镇补兵足食事宜》，提出清弊源以收逃卒，专责任以严勾捕、定班戌以便人情、责大帅以主练兵、明赏罚以励士夫等建议。唐顺之回京复命，严嵩又派他前往江南、浙江视察军情，与胡宗宪协谋讨伐倭寇，唐顺之受命后，奋然说道：“一月贼不平，请拿将官，三月贼不平，请拿郎中。”
在胡宗宪商议讨贼御寇的策略时，唐顺之主张在海上截击倭寇的兵船，不让倭寇登陆，减少民众的生命财产损失，而且当时大部分的将校兵卒都惧海战，因此他们常常假借各种原因拒不出战，这恰好给倭寇提供抢掠的机会。唐顺之见人民遭此难，决定以身作则，下海体验生活，他从江阴驶向蛟门，一昼夜行六七百里，他处之泰然，并把不尽职守的将官们捉住法办。严惩之下，这些贪图安逸的将官们都转变作风，尽职尽责，常因看见风帆就以为唐顺之的船来了，连忙整顿军容，不敢稍有懈怠。
倭寇自诩明军无力抗衡，便在崇明驻扎大本营，一直盘踞在崇明水域，而唐顺之的使命虽然只是巡视军情，可他身先士卒，战斗在抗倭前线，率领舟师于海上发动进攻，把倭寇驱赶到大海，击沉贼船十三艘，歼敌一百