二十，缴获无数战利品，这是一次少有的御寇大捷。崇明大捷鼓舞了士气，唐顺之升为太仆少卿，进右通政。倭寇又侵犯通州、海门，形势危急，唐顺之率兵驰援江北，唐顺之率副总兵刘显在姚家荡大破贼寇，余寇退守庙湾。
此时，唐顺之接到胡宗宪的公文，说倭寇复犯崇明三沙，命其火速领兵增援。唐顺之认为庙湾贼寇已被围困，指日即可攻克，于是回师江南，跃马布阵，持刀直前，倭寇见军容严整，于是坚壁不出。官兵攻打贼巢，死伤甚众，唐顺之持刀奋身前往，冲到距离倭营百余步的地方，逼敌出战，总兵卢镗等请求退兵。唐顺之不允，亲自披挂上阵，持刀直薄敌营，卢镗恐有闪失，坚持要唐顺之撤退。
此时，正当盛暑，唐顺之在海上已漂泊了两三个月，卤侵炎蒸，劳顿颠沛，身心疲惫，旧病发作，前时旧疾亦复发加重，乃回太仓调养。唐顺之因功擢升右佥都御史，并接替李遂为凤阳巡抚，兼提督军务。倭患稍定后，时任淮扬巡抚的唐顺之，上书请求复开浙江、福建、广东三省的市舶司，并请朝廷推举人才担任市舶司长官，打破了嘉靖朝长期以来的海禁局面。
唐顺之提出要求废除渔船出海的禁令，倭寇曾冒充渔民登岸，或抓获渔民充作向导，当局就下了禁止渔船出海捕捞的命令，唐顺之认为不让渔民出海，就断了他们的生计，也影响到军饷的供应。只要管理得法，加强检查督察，完全可以防止倭寇的混入，渔船在官兵的保护下出海，又可以巡逻海域，击贼于海上，是一举两得的好事。胡宗宪十分信任和器重唐顺之，对他的建议无不听从，毅然废除了出海的禁令。
唐顺之因多年在海船上奔波抗倭，一年夏天一连好几个月都生活在海上，不幸染病，但他仍然支撑着病体泛海，度焦山。唐顺之再次泛海巡历，行至通州，病情严重，没过一会突然病发，唐顺之知道自己病危，便下令让船快行，他把麾下诸将召到帐中，说：“我本来想要与大家通力合作，守护社稷苍生，但现在恐怕不行了，希望大家共同勉励。”他托付好了自己的遗愿，但没有一句话涉及家事。
唐顺之乘舟巡视通、泰，巡至通州，对诸将说：“我生平只希望有这三种死法，要么死在战场上，要么被敌人俘获，为朝廷尽忠而死，要么病死在海上。没想到今时今日能够保存全身死在这里，我已经死而无憾了。”他命令军士取好坐席，在上面躺了一会，便整理好衣服，端坐而逝，年仅54岁。
在军事上，他主张抗倭，对实战经验进行了总结；在文学上，主张“本色论