病重，陆炳乘机把刺探到的仇鸾的不轨行为向世宗汇报，世宗立即收回仇鸾的印信，使他忧惧而死，皇帝和首辅间的芥蒂自然消除。
严嵩相继除去了政敌夏言、仇鸾，朝中一时无与匹敌，但他深知世宗对大臣的猜忌心理，为了保住他的权位，他对所有弹劾他的官僚都施以残酷的打击，轻者去之，重者致死。沈鍊、杨继盛之死就是突出的例子。沈鍊上疏罗列严嵩十条罪状，主要指责严嵩要贿鬻官、沽恩结客、妒贤嫉能、阴制谏官、擅宠害政，严嵩由此大恨，反击说沈鍊在知县任上犯有过失，想借建言得罪，受些小处分，一来避考察，二来取清名。世宗被打动，谪发沈鍊至口外保安，沈鍊在塞外以詈骂严嵩父子为常，嵩闻之大恨。严嵩将除去沈鍊的事交给其子严世蕃，严世蕃嘱咐新上任的巡按御史路楷和宣大总督杨顺合计除沈，许以厚报，“若除吾疡，大者侯，小者卿”。恰逢白莲教徒阎浩等被捕，招供人名甚多，杨、路列上沈鍊的名字，经兵部题覆，沈鍊被杀。
杨继盛上疏论严嵩十罪、五奸，把世宗最头疼的北边安危与严嵩联系在一起，又说，去春雷久不发，主大臣专政，去冬日下色赤，主下有叛臣，把世宗最相信的天象说与严嵩联系在一起。奏疏十罪五奸的内容主要仍是贪贿纳奸，结党营私，打击异己，这些都摸准了世宗的心理，很有力量，但他在结尾处写道：“愿陛下听臣之言，察嵩之奸，或召问裕、景二王，或询诸阁臣，重则置宪，轻则勒致仕。”这就犯了大忌。一来，世宗听信道家者言，根本不愿见二王；二来，藩王不当过问政事，询问二王是何用意？史载：“嵩见召问二王语，喜谓可指此为罪，密构于帝。帝益大怒”，遂将杨继盛送镇抚司拷讯。为杀杨继盛，严嵩故意将其名字附在坐大辟的都御史张经和李天宠之后，一并奏上，世宗报可，严嵩就轻而易举地杀了杨继盛。
在没有确立太子的情况下，安排裕王朱载垕、景王朱载圳婚事，诏于各府举行婚礼，严嵩不同意。这虽是先年亲王旧例，“但臣等思得府第浅窄，出府未免与外人易于相接，在亲王则可。今日事体不同，臣等再三计之，实有未安”。他认为可以“俱留在内成婚，亦于保护为便”。世宗不客气地问：“出府之不可，是害及二王，是害及朕，卿等明说来。”严嵩回答：“储贰名分未正，而又出居于外，虽应得者亦怀危疑。府第连接，仅隔一墙。从人众多，情各为主，易生嫌隙。此在二王不可不虑者也。先朝有太后在上，有中官、东宫，体势增重，主上尊安。今列后不在，至亲惟有二王，却俱出外，此在圣躬