基后，在临朝廷议册封太后一事时，却遭到群臣的激烈反对，魏光绪连上抗疏4次，直陈由妃子册封太后，既无古例，更不合礼法，即使是先帝遗命，也只是“临终乱命”。再说“梃击”一案，郑贵妃作为主谋嫌疑最大，怎能再拟册封太后，由于魏光绪刚正不阿，不属于任何党派，新皇帝对他的疏议极为重视，加之朝臣反对呼声甚高，于是将此事作罢。
魏光绪为死去的继母守孝服满，补福建道，抚按山东，由于他一向清廉正直，不避权贵，声震海岳，名气很大。贪官污吏闻风丧胆，丢官逃跑的很多，他执法如山，人们都拿他和海瑞相提并论。他抚按山东时，正好程启南升太常寺卿离鲁回京，就在前一年，大盗徐鸿儒伏法授首，跟随徐鸿儒作乱的人都已隐伏。这时，朝廷中和山东官府内的一些当权者，仍主张继续将这些因生活所迫、被逼起反的百姓斩尽杀绝。
魏光绪深入民间，细察祥情，认为不妥，上疏力主招抚，使10万穷苦百姓免遭杀戮。他屡次深入山野，微服私访，勘察政情民风，针对性地采取措施，从严治吏，匡正民风，取得了明显效果；他还屡次在任所拔取士子中的优秀人才，使各级官府充满了无限生机和活力；他十分重视教育，培养人才，以官府名义给督学使颁正式文书，规定具体标准和程序，让他们在各级书院以考试和“庭辩”来鉴别学子的优劣，奖优罚劣，促使成才。
由于他呕心沥血，勤于王事，又善于结合实际，革故鼎新，切中时弊，多有建树，受到朝臣们的好评，在甲子科“列贤书”评比排列贤能官员的名次时，都认为魏光绪应排名第一。吏部将列“贤书”排列敲定后报上去，魏忠贤的阉党便前来拉拢，让魏光绪亲附阉党，因嘱所亲不得遂，降级调外用。
魏忠贤阉党垮台，魏光绪奉诏还京巡视京营，他严肃军纪，整顿军风，使京营“戎政一新”。这时，遭阉党排斥，被重新启用的官员们，都想借审理“逆案”的机会，雪耻出气，便广搜苛求，牵强附会，大肆株连，使涉案人数大增。魏光绪不随波逐流，跟风而跑，他力排众议，劝这些赐环诸君子，应泾渭分明，弃浊扬清、与人为善，养福为主，更不必刻意搜求，致使不少并非大奸大恶的一般官吏免受株连，人心稳定，臣民振奋。
不久，魏光绪晋秩少京兆，主持科考，一权贵儿子名落孙山，这个权贵便大闹朝堂。魏光绪上疏弹劾，据实陈述，崇祯帝弄清真相后，大为恼火，降旨对这名权贵进行严厉斥责，并指令刑部进行查处。
努尔哈赤一度打到北京城下，