京城戒严，魏光绪奉诏上战守方略，得到皇帝的赞赏并全部采纳。年底，提升他为太仆寺正卿，到任后，发现由太仆寺掌管的国家牧地，有好大一部分被大大小小的权贵圈占，他不顾这些权贵胁迫，据理力争，为国家争回牧地数万倾。同时，他设法筹集白银两万两，派人出发去购买西部的良马，充作军用，装备京营骑兵，受到了崇祯皇帝的嘉奖。
明朝末年，农民起义的烽火遍地燃烧。到崇祯登基以后，更成黄河决堤之势，难以收拾。大明朝廷已如夕阳西下，一片凋零。继陕西农民大起义发生后，全国各地的中小规模起义彼伏此起。楚中农民起义，引起七府震动。朝廷派一个姓洪的抚军率部前去征剿，结果师出无功，打了败仗，被解任。于是，举朝臣僚都推举魏光绪前去接任，魏光绪到任后，整肃军纪，激励士气，多方侦察，周密部署，定计于夏至拂晓突出奇兵，实施急袭，在分隔包围中，将这支起义军的部众击溃，首领斩杀。但一波未平，一波又起，当地土司彭元景又在岳阳聚众起事。
魏光绪巧施反奸计，挑起这支义军内部火并，并趁机挥军围剿，将这支义军剿灭。岳阳地区刚刚安定下来，又得到准确情报，有人正策动十五府同日举旗造反，他打探到主要策动者的活动规律后，将其秘密逮捕，使这次举事在兵不血刃中得到平息。魏光绪不仅刚正不阿，敢于言事，而且保境安民，战功卓著。特别是楚地人民感念其德，在楚地为他建了生祠，贺相国将他的事迹勒碑刻石，存放祠内，千秋万代，永世传颂。
正当魏光绪捉襟见肘穷于应付时，一支义军攻占了桂阳，朝廷中对魏光绪心存嫉妒和成见的人便以此为口实，极力上书弹劾，于是朝廷将魏光绪罢黜。按说，桂阳属赣州管辖，不在魏光绪执行任务的范围之内，朝廷不向赣州主事问罪，却拿魏光绪替罪，人们都感到不服，觉得魏光绪蒙受了冤枉。后来，尚书省出面为其白冤，也仅仅是落了个“得勿问”，不再继续追究他罢了。
魏光绪免官归田后，仍忧国忧民，不遗余力。武乡遭遇了3次大灾，每一次大灾降临，必是饿殍相望，哀鸿遍野，魏光绪把家中囤积粮米尽数发出，分厂设粥棚赈济饥民，每日两次，先后赈济救活3000多人。同时，他设立慈幼局，派人收拣在路途中遗弃的婴幼儿，给以哺乳，他出资建造义冢，收葬那些抛尸在外的孤魂野鬼，他行医施药，救死扶伤，为穷苦百姓解除病痛。总之，他仗义疏财，扶危济困，拯救穷苦乡党，真是一言难尽。
更值得大书特书的是，他深谋远虑，主张