弹劾李长庚。崇祯帝对李长庚不待刑部释罪疏得请就开具起废名单大为不满，认为他“屈法徇私，朋比欺蒙”，将李长庚削籍为民，温体仁的亲信吏部左侍郎张捷署理部事。崇祯帝在平台召见群臣，会推吏部尚书，张捷推举了名列“钦定逆案”中的阉党吕纯如，当场引发巨大争议，在场言官力执不可，甚至想殴打张捷，温体仁只好退而求其次，提议用自己的另一亲信谢升为吏部尚书，并被崇祯帝采纳。
其后，文震孟因讲《春秋》而得到崇祯帝青睐，由于文震孟是亲东林人士，所以被温体仁忌恨。温体仁回家养病，崇祯帝举行了一场空前的廷试，打算以考试方式从官员中选拔阁员。文震孟因病未能应试，却被崇祯帝钦点，与应试的张至发一起入阁。温体仁也回内阁供职，每次拟旨必征求文震孟意见，而且往往听从，文震孟以为温体仁“虚怀”，放松了对他的警惕。吏部尚书谢升要把曾因凤阳皇陵被焚而弹劾温体仁的言官许誉卿调往南京，文震孟却很欣赏许誉卿，反对将他调往南京，并为此大骂谢升。谢升进一步奏称许誉卿不想南迁是为了把持朝政，最终崇祯帝支持了谢升、温体仁，并将许誉卿贬为民。文震孟对此大发牢骚，讥讽说“科道为民，极荣之事”，温体仁便向崇祯帝告状，崇祯帝果然大怒，指责文震孟及其同党何吾驺“徇私扰乱”，随即将其逐出朝廷。
文震孟、何吾驺被贬后，郑鄤十分不满，温体仁便想除掉他，借此敲打文震孟、黄道周等亲东林人士。温体仁根据郑鄤族舅吴宗达揭发的材料，上疏弹劾郑鄤居家期间曾“杖母烝妾”，即杖打母亲、强纳父妾。崇祯帝下令将郑鄤下狱，由于查无实据，此案拖延数年，以凌迟处死结案，但此时温体仁已死。
体仁辅政期间，内外时局愈发混乱，因此遭到傅朝佑、刘宗周、杨光先、朱国弼、王昺等多人弹劾，崇祯帝都回护温体仁，将这些人或下狱、或革职、或充军、或夺俸、或夺爵。温体仁自以为有皇帝庇护，愈发肆无忌惮。当时，温体仁之弟温育仁想加入张溥、张采创立的复社，却被拒之门外，温体仁怂恿原任苏州府推官周之夔和文人陆文声控告复社“结党恣行”“把持武断”“逐官杀弁”“朋党蔑旨”，企图利用拟旨大权来镇压复社。
由于提学御史倪元珙、海道副使冯元飚没有按照温体仁的意思办，才使其图谋未能得逞。常熟人陈履谦负罪逃到北京，怂恿温体仁置钱谦益于死地，并让常熟县衙书手张汉儒攻讦已下野的政敌钱谦益、瞿式耜居乡不法，结党营私，妄议朝政，列举罪状共五十四条。奏疏呈进后，