刘彻罢免了丞相卫绾和御史大夫直不疑，将两位外戚魏其侯窦婴、武安侯田蚡，分别任命为丞相和太尉，分别任命儒者赵绾和王臧为御史大夫和郎中令。
窦婴和田蚡都喜好儒术，赵绾和王臧又是鲁诗学和春秋谷梁学大儒申公的弟子，所以从这套执政班子可以看出刘彻的崇儒意志。他还命令丞相等内外大臣推荐“贤良方正、直言极谏之士”，并派人以安车蒲轮、束帛加璧征召申公，申公见了刘彻后，强调治国需要“力行”而非“多言”，刘彻喜好文词，故对申公不甚满意，但毕竟已征召而来，就任命他为太中大夫，同时议定修明堂、改正朔、易服色及巡狩封禅等儒家礼制。
不过，太皇太后窦猗房，崇尚黄老之学，阻挠儒学改革。御史大夫赵绾，请求刘彻不要再将政务汇报给太后，窦太后大怒，斥责他又是一个新垣平。于是，用自己搜集到的赵绾、王臧等非法牟利的罪证，要求刘彻将赵、王二人下狱治罪，二人皆死于狱中。窦婴、田蚡也被罢免，改以开国功臣后裔许昌、庄青翟为丞相、御史大夫，明堂等儒家礼制也被废弃。
馆陶大长公主自居拥立刘彻之功，对刘彻各种请求，令刘彻厌烦。刘彻按约定娶的馆陶大长公主之女陈皇后，起初获得独宠，但她不仅“骄妒”，而且长年无子，使刘彻对她有所疏远。
此时，王太后告诫刘彻说：“你刚即位，大臣还没有完全服从，就先搞明堂，惹恼了太皇太后，如今又忤逆大长公主，肯定会严重得罪她们，妇人容易取悦，你一定要十分慎重！”于是，刘彻不得不稍微尊重馆陶大长公主与陈皇后。
在此期间，刘彻韬光养晦，沉湎于微行和狩猎，同时亦进行了一些对外开拓的准备工作和初步活动，如派张骞出使西域、派严助征讨闽越等。
窦太后去世，刘彻得以完全掌权，借口许昌、庄青翟办理丧事不力，将二人罢免，起用舅舅田蚡为丞相，大司农韩安国为御史大夫。刘彻对田蚡几乎言听计从，以致田蚡专横跋扈，后经刘彻敲打才有所收敛，对于窦氏势力则日益疏远，借灌夫骂座之事，而处死了窦婴，不久田蚡亦死。
此后，刘彻起用功臣外戚以外的官吏，乃至出身微贱之人，如主父偃、公孙弘、张汤等，并拜公孙弘为丞相，封平津侯，打破了非列侯不得为丞相的惯例，开启了先拜相再封侯的先河；又提升御史大夫的地位，让御史大夫张汤取代丞相的作用，相权对皇权的牵制作用也大为缩小。
刘彻宠幸姐姐平阳公主家的歌女卫子夫，而陈皇后则嫉妒卫子夫