按照上年八月确定的战略，阿剌罕担任总将，军队分为东路军和江南军，前者是忻都、洪茶丘和金方庆率领的蒙、汉和高丽的联军四万共九百艘战舰，后者是范文虎、夏贵麾下的亡宋降兵十万共三千五百艘战舰。在兵力上几乎是第一次远征的五倍。

二月二十日，忽必烈在出征之际，下发了诏书。

“始因彼国使来，故朝廷亦遣使往，彼遂留我使不还，故使卿辈为此行。朕闻汉人言，取人家国，欲得百姓土地，若尽杀百姓，徒得地何用。又有一事，朕实忧之，恐卿辈不和耳。假若彼国人至，与卿辈有所议，当同心协谋，如出一口答之。”

从忽必烈的话来看，他还想对日本取得长期的支配权。

奉忽必烈之命，东路军首先于五月二日从高丽的合浦出发。他们本与江南军预定于六月十五日在一岐会合，但是立功心切的折都和洪茶丘擅作主张，提前出发。

江南军在出发前，总将阿剌罕病倒，阿塔海代任，从庆元离港的日期被迫推迟。

日本早已得到元人将要来袭的消息，加固了九州沿岸到山阴一带的防备。

自第一次元人来袭以来，时宗便派出了圆觉寺的开山祖师无学祖元等许多僧人前往中国，搜集了大量关于元的信息。

而且日本军研究了蒙古军的战法，改进了自己的作战方法。

“战争不是以兵力多少定胜负。海陆作战时，陆军占据优势。第一次与贼寇作战我们已知道，贼寇不擅长海上作战。而且，这次来袭的军队当中，有很多是刚刚降服不久的宋军。宋与我国亲近，对元抱有怨恨。如果战势对我方有利，很多宋军便可能投降我方。不能让寇贼着陆。依靠堡垒，将其歼灭于海上。再将敌军诱入山地，围歼之。大船行动不便，乘轻舟射击火箭，然后见机杀过去。贼寇长途劳顿，又是一些乌合之众，不足惧。这次战争，关系到自神武天皇以来的日本国命运。希望各位能拼死保卫家国。”

时宗向全军发下了檄文。

五月下旬，元东路军以对马为跳板，攻向了一岐。少二经资的儿子资时负责守卫一岐。

一岐守军必然会全部牺牲，经资知道这一点，才把亲生儿子派到了一岐。他知道，这无异于给儿子判了死刑。

姿时英勇善战，但终因寡不敌众，与其手下一起壮烈牺牲。岛上的百姓也拿起农具，和守卫的将士一起作战。有的人甚至因为害怕敌人听见自己孩子的哭声，亲手杀掉孩子。

听说姿时壮烈牺牲，肥前的大村、龙造寺、肥后的菊池、萨摩的岛津和松浦的将士都说：“不能让姿时将军白白牺牲。”

这些人相互呼应，对占领了一岐的元军发起奇袭，最终将一岐夺了回来。

东路军失了一岐，于是不等江南军到来，单独朝九州进发了。

六月六日，东路军逼近博多湾。但是，与第一次不同，日本人在岸上修筑了坚固的堡垒，有着严密的守卫。东路军只得避开这些堡垒，在湾口的志贺岛上岸。

对外号称七万的兵船连成一片，覆盖了海面，海面上飘起旌旗组成的长城，甚为壮观。

他们来到了细长狭窄的岛上，动弹不得，又遭到了日本人的袭击。

熟悉地形的日本兵差点俘虏了洪茶丘。可是，在紧要关头，洪茶丘被王万古救出，慌慌张张地逃回战舰上。

元军看到日本军的坚固守备，不敢上陆作战，只是在船上展开战斗。

元军仍旧使用在西方作战时使用的战术，在船头立上高高的柱子，上部设橹侦查敌堡内的兵力，并用五六丈长的木板结成木筏，乘着木筏往岸上攻，同时，向岸上的日军阵地发射大炮。

日本兵则乘着轻舟，往木筏上倒上油，放火将其烧掉。

堡垒内的日军将士被元军的铁炮炸飞，军营也被烧毁。在海上，元军的船只起了火，船上的将士同船一起葬身大海。

拉锯战一直持续到六月十三日。两军均死伤严重，但是战争依然不分胜负。

形势对于经过长途跋涉而且没有补给的元军是不利的。水和蔬菜补给不足，还发生了瘟疫。

日本军在夜间乘着轻舟，对东路军发起了攻击。此次表现尤为突出的是伊予的住人、河野通有一族、天草的大矢野兄弟和草野经长。

他们乘着小舟，在夜间对元的大船发起袭击，砍倒帆柱，然后顺着柱子爬到船上，直接与元军厮杀或者放火把船烧掉。

元军遭到日本军神出鬼没的袭击，束手无策，只得在海面上张开铁锁。但是日本军却轻而易举地将其切断，在海面上来去自如。

着火的船引着了旁边的船。船上人想要逃跑也无处可逃，因为各战舰都用铁锁相连，根本动弹不得。海面上顿时火焰冲天。

六月十五日本是东西两路军会师的日子，但江南军没有到，东路军越来越不安。

在志贺岛差点被日本军俘虏的洪茶丘，按捺不住心中的不安，召集指挥官，征求他们的意见。

“已经过了约定的日期，江南军还没有出现。船队已经破损，现又瘟疫横行，将士们已经疲惫不堪，粮食和水也都缺乏。继续留在这里战斗将非常困难，不如暂时撤退到合浦。”

东路军遭遇了顽强的日本军，士气低落，厌战情绪蔓延。

大部分人都赞成撤军，只有金方庆道：“粮食还能支撑一个月，水可以在一岐和对马补给。只要让那些得病的士兵乘船回去就可以了。如果现在撤军，是违背圣旨。”

金方庆言辞激烈，众人顿时缄口不言。圣旨是谁也不敢违抗的。

上次可以以暴风雨为借口，但是这次他们没有借口。东路军苦苦等待江南军到来。江南军在六月十八日才从庆元出发，没有经过一岐，于六月末到达平户岛，比约定的时间已经晚了很多。东路军在过了一段时间之后才知道江南军已经到来。

七月上旬，东路军才从一岐近海向平户岛移动。远征日本的两个军团终于在这里会师。平户岛近海海面被元军的兵船覆盖。周边的日本守军看到规模如此浩大的兵团，都已经绝望了。

但是，元军到了平户岛近海之后，只是聚集在那里，并没有任何行动。东路军在与日本的交战中已经筋疲力尽，江南军也因刚经历长途跋涉，萎靡不振。为了得到充分的休息，他们在平户岛海边停留了大概一个月。

七月二十七日，元军才终于开始行动。

他们先是向东发动进攻，夺取了鹰岛。日本军迎击，战争开始。

元军以鹰岛为桥头堡，向九州北岸发起攻击，逼近博多湾。日军奋勇作战，但是毕竟寡不敌众。日本面临着有史以来最大的危机。

八月二十二日，夜里突然刮起大风并下起大雨。这时正是日本的台风季节。蒙古人自不必说，宋人对此也并不熟悉。

元的大船队陷于暴风雨中。天空阴云密布，江南军的一个指挥官张禧非常担心，便向总将建议道：“恐怕天气有变。我们应该吸取第一次远征的教训，将船转移到湾内或者岛的背面避难。”

但是，由于阿塔海刚刚接替阿剌罕不久，对情况还不熟悉。而且，江南军比东路军迟到将近一个月，此时抢功心切，如果因为看到乌云密布便去避难，他脸上也没有面子。

“没什么大不了的。”阿塔海虚张声势，拒绝了张禧的提议。张禧不得已，只得率自己麾下的军队到海湾避难，并让各船相连，以防台风和日本军的袭击。

大风持续了一整天，元军的四千多艘战舰在暴风雨中飘摇。大船与大船冲撞，或者碰到礁石，击得粉碎。中小船只的水手被巨浪吞噬。这次台风比第一次更甚，曾经担任第一次远征军指挥官的忻都、洪茶丘和金方庆等人也都没有任何办法。

日本的兵营和百姓的房屋也遭到破坏。海边的房屋被海浪冲击，死伤无数，还有一些下落不明。

一夜之间许多元兵葬身大海。只有张禧的三十多艘战舰幸免于难。但是即便如此，船体的损伤也非常大，已经失去了战斗能力。

原本这些船就是高丽为了应付公事而粗制滥造。即便是江南军，也由于有人贪污腐败，造船时偷工减料，导致船只质量非常差，经不起大风浪。

天明之后，日本武士从堡垒中出来，开始搜寻残兵，追击还在漂流的破船，毫不留情地将敌人全部杀掉。只有张禧的船队费了九牛二虎之力才从平户岛逃了出来。

“投降的和受伤的士兵都给我杀掉，一个也不能留！”少二经资下令。

失去了儿子资时，弟弟也负了重伤，他已经恨透了元兵。

“不要让一个人活着回去。”

日本的将士忠实地执行了经资的命令。

元军的残兵费了九牛二虎之力才终于聚集到鹰岛。他们企图在鹰岛修复破船，逃回国去，但是却被日本人毫不留情地歼灭了。

只有一个例外，日本人杀掉了蒙古人和高丽人，却没有杀亡宋的士兵，而是将他们俘虏了。这是考虑到两国以前的交情。