三条而已。东宫太子停止讲学有五年了，廷臣多次请求恢复都没回音，叶向高再次选择吉日向皇帝请求，神宗也不答复他，从此之后每年春、秋两季叶向高都要诚恳地提出请求，然而皇帝都不接受。
太子的生母王贵妃因病去世，过了四天都没有发丧，叶向高提出意见，这才发丧。但是礼官呈上礼仪制度后，又拖延五天也没有举，叶向高不得不又向神宗争取，奏疏才转发下来。福王的府第建成后，工部请求皇帝让福王回封国，叶向高拟旨交上去，神宗不发圣旨，改在次年春天让福王回封国。等到日期临近，叶向高请求先整顿福王的仪卫、舟车等仪仗用度，神宗却不予采纳。
廷臣相继上疏请求让福王回封国，神宗又宣布启程时间改为四十二年，过了不久却又忽然传旨，福王的庄田没有达到四万顷就不回国，廷臣们都非常吃惊。叶向高于是进言说：“四万顷庄田，一定满足不了他的愿望，回封国将遥遥无期，陛下的圣旨将要失信于天下了。况且福王的奏疏援引祖宗的制度，而祖宗的制度中没有这样的规定。先前只有明世宗的时候景王出现过这种情况。景王长期不回封国，您的父亲当时还在裕王邸，危险而不能安定。怎么能够效法他呢？”神宗回答说：“赏赐庄田自然有先例，况且现在皇太子与各皇子的关系已经确定，还有什么可质疑的？”叶向高于是上疏道歉说：“皇父的时候，皇太子的名位虽然还没有确立，但是东宫讲学并没有停止，皇帝父子之间的情意是相通的。现在东宫停止讲学已有八年了，况且太子长时间不能和皇帝见面，而福王一天和皇帝见面两次，所以不能没有怀疑，只有坚决遵守明年春天返回封国的日期，不要拿庄田作为借口，百姓的怀疑才会得到澄清。”神宗只好告诉他福王并没有一天两次见面他的情况。
叶向高有裁决判断能力，善于处理大事，锦衣百户王曰乾是京师的奸人，跟孔学、赵宗舜、赵思圣等人相互攻击告发，刑官还没有来得及审判定罪，王曰乾就进入皇城放炮上疏，刑官大为震惊，要判他死罪。王曰乾于是上疏攻击郑贵妃的内侍姜严山跟孔学以及妖邪的王三诏用巫术诅咒皇太后、皇太子死，拥立福王。神宗感到震惊和愤怒，绕着宫殿走了半天，说：“这种大事变，宰相为什么不说话？”内侍立即跪着呈上叶向高的奏疏，奏疏上说：“这事跟往年的妖书有些类似，然而妖书是匿名的，难以查询，现在原告、被告都在，一经审讯就可以得出实情。陛下应当以不变应万变，若稍有惊慌，那么朝廷内外就会大乱。至于他的言词牵连到贵妃、福王，实在是叫人痛