恨之极。我跟九卿的意见是一样的，冒昧地向皇帝报告。”
神宗读完后叹息说：“我父子兄弟的名誉能够保全了。”叶向高又说：“王曰乾的奏疏不应该下发。如果发表出去，对上会惊动圣母，对下会惊动太子，贵妃、福王都会感到不安。应该扣留在禁中，而另外传令司法部门，追究各奸人的罪责，并且赶快确定明年春天福王回封国的日期，来平息众人的议论，如果这样做，那么天下就会安然无事了。”皇帝完全采纳他的意见，太子、福王得以相安无事，贵妃终究不想让福王回他的封国，说冬天是太后七十大寿，福王应留在京城庆贺。
神宗命令内阁宣布诏书，叶向高扣留皇帝的诏书不宣读，请求今年冬天提前为太后举行寿礼，而让福王如期回封国。神宗派太监到叶向高的私人住处，一定要他宣布诏书，叶向高说：“外廷纷纷传言皇帝想利用贺寿的名义挽留福王，邀请一千多人跪在宫门前请求。现在宣读这道诏书，人心更加怀疑、吃惊，将要相信王曰乾的妖言，朝廷一定不会安宁。圣母听到了，也一定不会快乐的。况且潞王也是圣母的爱子，也居在外地，为什么只对福王那么爱恋呢？”于是，封还了诏书，神宗不得已听从了他，福王这才回到封国。
叶向高曾上疏说：“当今天下酿成危害动乱的根源，大概有几种，但还不包括天灾人祸、寇匪强盗、物怪人妖，朝廷人才匮乏，是第一点；君臣之间闭塞隔阂，是第二点；官员们好胜喜欢争斗，是第三点；对金银财宝等钱财的横征暴敛，必有狂悖的事端出现，是第四点；道德风气一天比一天败坏，没有办法挽救，是第五点。假若陛下不奋然振作，选用一些老成持重的大臣，充实朝廷官署，将多年来废弛的政事一举革新的话，我担心国家的危亡，不在于外敌的侵略，而就在于朝廷内部啊。”言词极其恳切，神宗心知他的忠诚却不肯实行。
当初，叶向高进入内阁，陈奏选用人才、治理财政的计策，极力请求填补空缺的官职，罢免矿税。发现皇帝不能听从他的建议，于是陈奏君臣之间关系紧张的弊病，两次上疏乞求辞职，神宗不答应。叶向高自从成为唯一的宰相，就请求增加阁臣，神宗又不听。等到吏部尚书孙丕扬因为举荐贤能不被任用而请求离职，叶向高特地上疏请求留用他，神宗也不答复，叶向高于是称病不出。神宗多次下诏，才出来管理事务，不久又说：“我多次请求辞职，都承皇上恩典挽留。陛下不应当只关心我一个人的去留，而应当更关心国家的治乱。当今国家到处都是灾荒死亡，畿辅、中原、齐鲁的流民塞满了